Każdy shinobi musi uczęszczać na misjach pokazując przy tym silę swojego Kraju i jednocześnie zarabiając pieniądze dla niego. Misje to też sprawdzenie umiejętności każdego ninja. Wyróżniamy 5 rodzai misji.


"D"-jest to najłatwiejsza misja, gdzie ryzyko zagrożenia jest równe zero.Jest to zarazem najtańsza misja za która musi zapłacić osoba wynajmując shinobi. Charakterystyczną misją dla tej rangi jest: niańczenie dziecka, pomaganie przy zakupach oraz łapanie zagubionych zwierząt. Misje są przeznaczone dla:
-Studentów Akademii
-Geninów


"C"-misja w której stopień zagrożenia pomału wzrasta. Jest trochę droższa od misji w randze D. Charakterystyczną misją dla tej rangi jest:eskorta osoby.Misje są przeznaczone dla:
-Geninów
-Chuuinów


"B"Misja w której stopień zagrożenia jest wysoki. Należy do tej rangi gdzie opłata jest spora, gdyż ninja naraża swoje życie. Charakterystyczną misją dla tej rangi jest:eskorta z prawdopodobnym atakiem shinobi. Misje są przeznaczone dla:
-Chuuinów
-Jouninów


"A"Niezwykle niebezpieczna misja w której umiejętności shinobi muszą być na bardzo wysokim poziomie. Misje są przeznaczone dla:
-Jouninów
-Specjalni jonini
-Sage(Sannin)


Misja rangi "S" jest najtrudniejszą misją gdzie ryzyko śmierci jest prawie pewne. Misja jest wykonywana przez:
-doświadczonych Jouninów
-Specjalni jonini
-ANBU
-Sage(Sannin)
-Kage