W "Naruto" anatomia człowieka wygląda inaczej niż u nas. W ciele człowieka przebiegają specjalne żyłki przez które przepływa Chakra. Ale co to właściwie jest? Każdy z nas wie, że człowiek ma energię zarówno fizyczną (pozwala nam ona na proste lub skomplikowane czynności, np. bieganie, czy granie w piłkę), jak i psychiczną za której poprawne działanie odpowiada mózg. Dzięki niej można mnożyć, dodawać, dzielić, odejmować i ogólnie myśleć. Chakra jest połączeniem obu tych energii. Bez niej nie można wykonywać technik Nin, Gen i Tai Jutsu. Ninja, który chce użyć np. Goukakyuu no Jutsu, musi skoncentrować się, a potem zmieszać energię fizyczną i psychiczną, wydobyć Chakrę, zawiązać pieczęć, a następnie odwołać się do któregoś z pięciu żywiołów (Katon, Doton, Suiton, Fuuton, Raiton) i dopiero wtedy powstaje poprawna technika.

Typy Chakry:

W Naruto możemy spotkać się z różną odmianą chakry. Każda z nich ma swoje właściwości oraz moc.

Normalna Chakra: To jest Chakra normalna, posługują się nią prawie wszyscy ninja. Chakra ta jest niewidoczna gołym okiem i kursuje w środku organizmu przy wykonywaniu jakichś jutsu, lecz przy zbyt dużym zgromadzeniu Chakry ta wychodzi na zewnątrz. Jest niebieska. Chakrę można zobaczyć, jak dana osoba posiada w sobie Bijuu i jest zdenerwowana.


Crused Seals Chakra: Przykład „Czarnej Chakry” jest koloru fioletowego i jest 5 razy silniejsza od normalnej. Taką Chakre możemy zaobserwować przy osobach posiadających pieczęcie. Jak np. Sasuke.
Chakra wydobywa się z ciała gdy miesza się z Chakrą normalną, czyli przy „metamorfozie” oraz gdy brakuje normalnej, czarna zastępuje ją. Fioletowa Chakra wyniszcza organizm oraz bardzo źle działa na psychikę.


Lecząca Chakra: Jest jasno zielona, potrafią się nią posługiwać medycy ninja jak np. Sakura czy też Tsunade. Kiedy jej się używana jest widoczna. Dzięki niej możemy leczyć zewnętrzne jak i wewnętrzne rany, ma także zastosowania chirurgiczne, można amputować np. ręce lub nogi. Potrafi również wydobywać truciznę z ciała pacjenta. Taka Chakra zwiększa siłę osoby, która potrafi się nią posługiwać.

Kyuubi Chakra: Czerwona i chyba najpotężniejsza Chakra jaką mogliśmy na razie zaobserwować. Dlaczego? Ponieważ pochodzi od najsilniejszego demona – Kyuubi’ego, który jest uwięziony w Naruto. Chakra ta wychodzi na zewnątrz Uzumakiego, gdy ten jest zdenerwowany lub, gdy wszystkie techniki zawiodły. Kyuubi „przesyła” swoją Chakrę Naruto, który staje się bardzo potężny. Owa chakra posiada właściwość, która szybkie goi rany.


Bramy Chakry: To typ Chakry który przemieszcza się przez tak zwane „bramy Chakry”. Jest ona stosowana przez Ninja, którzy mają perfekcyjnie opanowane Taijutsu. (np. Lee czy Gai).
Każda brama (z 8) powiększa ilość Chakry i jest bardzo niebezpieczna, może nawet doprowadzić do śmierci użytkownika.
. Open Gate – by otworzyć tą bramę trzeba umieć poprawnie wykonać „Lotos”. Bramy są do otwarcia by kontrolować maksymalny przyrost Chakry. Ta brama daje początkową siłę i szybkość.
2. Energy Gate – by otworzyć tą bramę trzeba umieć wykonać „Primary Lotos” czyli Pierwotny Lotos. Brama ta jest otwierana by wykonać właśnie tego Lotosa. Brama zwiększa siłę i szybkość.
3. Life Gate – by otworzyć tę bramę nie trzeba wykonywać żadnych jutsu, brama zostanie otwarta poprzez ciśnienie Chakry. Powiększa moc i szybkość.
4. Wound Gate – by otworzyć tę bramę nie trzeba wykonywać żadnych jutsu, zostanie otwarta poprzez nacisk „Life Gate”. Powiększa moc i szybkość.
5. Forest Gate – także nie trzeba wykonywać żadnych jutsu by ją otworzyć, pomaga w otwarciu „Wound Gate”. Zwiększa moc i szybkość użytkownika. To ostatnia brama jaką zdołał otworzyć Lee.
6. View Gate – nie potrzebne jutsu, otwiera się dzięki ciśnieniu „Forest Gate”. Zwiększa moc i szybkość.
7. Insanity Gate – by ją otworzyć nie trzeba wykonywać jutsu, pomaga w otwarciu ciśnienie „View Gate”. Powiększa moc i szybkość.
8. Death Gate – nie trzeba używać do otwarcia tej bramy żadnego jutsu, pomaga ciśnienie „Insanity Gate”. Maksymalnie zwiększy siłę ciosów oraz szybkość. Jest ostatnią bramą i bardzo niebezpieczną, przeważnie otwarcie tej bramy kończy się śmiercią użytkownika.